Za obavljanje poslova iz delokruga Ministarstva obrazuju se sledece osnovne unutrašnje jedinice:
- Sektor za organizaciju zdravstvene sluzbe i zdravstvenu inspekciju;
- Sektor za zdravstveno osiguranje i finansiranje u zdravstvu;
- Sektor za lekove i medicinska sredstva;
- Sektor za sanitarni nadzor;
- Sektor za javno zdravlje i programsku zdravstvenu zaštitu i
- Sektor za evropske integracije i medjunarodnu saradnju.
U Ministarstvu se, kao posebne unutrašnje jedinice, obrazuju Sekretarijat Ministarstva i Kabinet ministra.
U Ministarstvu se obrazuje Grupa za internu reviziju, kao uza unutrašnja jedinica, izvan sektora i Sekretarijata Ministarstva.


