Farmaceutski odsek pri Medicinskom fakultetu Beogradskog univerziteta osnovan je 24. oktobra 1939. U samostalnu visokoškolsku ustanovu Farmaceutski fakultet prerasta 19. oktobra 1945. godine. Dugi niz godina nastava na fakultetu se odvijala u objektima Medicinskog fakulteta, a od septembra 1991. godine Farmaceutski fakultet dobija svoju zgradu u ulici Vojvode Stepe 450.
Od osnivanja pa do kraja 2007. godine na Farmaceutskom fakultetu diplomiralo je 9.284 studenata, završilo specijalizaciju 1.788 kandidata (1.176 specijalizacija za potrebe zdravstva), odbranjeno je 286 magistarskih teza i 239 doktorskih disertacija.
Pored svoje maticne delatnosti visokoškolske ustanove, Faramaceutski fakultet obavlja obrazovne, naucne, zdravstvene, strucne i izdavacke poslove, kao i bibliotekarsku i muzejsku aktivnost. Muzej istorije farmacije je registrovan kao zvanicni muzej grada Beograda.